Verkefni stofnunarinnar tengjast í áherslu á þverfaglega og fjölþjóðlega umfjöllun um fræðilegar og hagnýtar lausnir á viðfangsefnum sem sérstaklega tengjast norðurslóðum. Í starfi stofnunarinnar er lögð áhersla á að ekki sé vænlegt að slíta náttúruvernd úr samhengi við náttúrunýtingu eða þá hagsmuni sem tengjast þeirri viðleitni samfélaga að sjá sér farborða.
Líffræðileg fjölbreytni er mikilvæg en mannvist á norðurslóðum snýst ekki minnst um varðveislu menningarlegrar fjölbreytni og möguleika smárra samfélaga til að lifa í samræmi við eigið gildismat.
Íslendingum er nauðsynlegt að þekkja til áforma og væntinga alþjóðasamfélagsins sem hefur svo mikil áhrif á möguleika okkar og afkomenda okkar. Stofnun Vilhjálms Stefánssonar hefur hlutverki að gegna við öflun og miðlun slíkrar þekkingar.
Stofnunin heyrir undir umhverfis- orku og loftslagsráðuneytið og hóf haustið 1998 starfsemi í húsnæði Háskólans á Akureyri við Norðurslóð. Í október 2004 var stofnunin flutt í Borgir rannsókna og nýsköpunarhús þar sem hún er á 5. hæð. Stofnunin Vilhjálms Stefánssonar starfar eftir Jafnréttisáætlun Stjórnarráðs Íslands og vinnur markvisst að umhverfismálum með þátttöku í Grænum skrefum stofnana í ríkisrekstri.
Á Borgum eru fleiri stofnanir sem starfa að málefnum norðurslóða. Má þar nefna CAFF - vinnuhóp Norðurslóðaráðsins sem fjallar um líffræðilegan fjölbreytileika á norðurslóðum ,PAME, vinnuhóp Norðurskautsráðsins um verndun hafsins, Norðurslóðanet Íslands og skrifstofa Alþjóðlegu norðurskautsvísindanefndarinnar (IASC) á Íslandi.